يحذر الاطباء والمعنيون بالشأن الطبي من تناول المضادات الحيوية من دون وصفة طبية، لأن لهذا النوع من الادوية آثار جانبية. ابرز هذه الآثار مشاكل في الجهاز الهضمي، او الطفح الجلدي واضطرابات فطرية اخرى. تعمل المضادات الحيوية على محاربة البكتيريا المسببة للامراض والعدوى ولكن يمكنها ايضاً ان تتسبب بقتل الجراثيم "المفيدة" في الجسم.
كما ان الافراط في استخدام المضادات الحيوية قد يجعلك عرضة لمضاعفات خطيرة من الالتهابات البكتيرية.
بالاضافة لردود فعل تحسسية عند البعض مثل القشعريرة والحكة واحمرار الجلد.
ويمكن للمضادات الحيوية ان تسبب حساسية ضد اشعة الشمس.